Livonija nepastāvēja kā vienota valsts – jau krusta karu laikā 13. gs. varu dalīja vairāki zemes kungi (varas centri). Laicīgie valdījumi bija baznīcai – Rīgas arhibīskapijai, Kurzemes, Tērbatas, Sāremā-Vīkas bīskapijām. Savukārt lielākās teritorijas pārvaldīja Livonijas bruņinieku ordenis. Sākotnēji ordenim tika nodota trešdaļa no pakļautajām teritorijām, taču militārā pārspēka dēļ tas jau 13. gs. otrajā pusē ieguva Livonijas zemju lielāko daļu.
Livonijas pārvalde atbilda viduslaiku Eiropā ierastajiem feodālisma principiem. Tā nebija vienota valsts ar laicīgam valdniekam tieši pakļautu ierēdņu struktūru.
Krusta karu rezultātā 13. gs. tika pakļautas Latvijas teritorijā dzīvojošās sentautas – kurši, zemgaļi, sēļi, latgaļi, lībieši un to valstiskie veidojumi.
Livonijas iedzīvotāju lielākā daļa bija zemnieki, kuri turpināja savu nodarbošanos, maksājot zināmas nodevas un saņemot zemes turētāja (vasaļa) aizsardzību. Tomēr daļa Livonijas pamatiedzīvotāju paši kļuva par Livonijas zemes kungu vasaļiem.
Zemnieki bija Livonijas lielākā iedzīvotāju kārta. To veidoja teritorijas pamatiedzīvotāji – kurši, zemgaļi, sēļi, latgaļi un lībieši.
Militārais spēks Livonijas iekarošanai bija 1202. gadā dibinātais Zobenbrāļu ordenis, kas pēc tā sakāves Saules kaujā 1236. gadā tika pārveidots par Livonijas ordeni kā Vācu (Teitoņu) bruņinieku ordeņa atzaru.
Arī Rīgas arhibīskapa, Kurzemes bīskapa un to vasaļu dzīvesvietas bija mūra pilis. Rīgas arhibīskaps rezidēja Rīgā, Raunā, Koknesē un Limbažos, savukārt Kurzemes bīskapa rezidence atradās Piltenē, taču bīskapijai piederēja arī Ēdoles un Dundagas pilis. Pie svarīgākajām pilīm veidojās miesti un pilsētas. Gadsimtu gaitā, zūdot šo piļu kā aizsardzības būvju un varas centru nozīmei, to vietās attīstījušās daudzas no lielākajām mūsdienu apdzīvotajām vietām.
Pilsētu saimniecības pamats bija tirdzniecība un amatniecība. Straujāko saimniecisko izaugsmi jau kopš 13. gs. piedzīvoja Rīga, Tallina un Tērbata.
Baznīca kļuva ne tikai par garīgās dzīves organizētāju, bet arī vienu no Livonijas zemes kungiem. Viduslaikos baznīca bija arī mākslas, mūzikas un izglītības attīstības centrs.
Nozīmīgs Livonijas vēstures robežpunkts ir katoļu baznīcas reformācija – Mārtiņa Lutera mācības izplatīšanās un nostiprināšanās – 16. gs. pirmajā pusē. Reformācija nesa pārmaiņas ne tikai reliģiskajos priekšstatos, bet ietekmēja arī varu un laicīgo dzīvi.