Iznīcinošais 2. pasaules karš, totalitārās PSRS un Vācijas okupācijas režīmi un to īstenotās represijas kļuva par 20. gs. Latvijas vēstures asiņaināko lappusi.
1939. gada 23. augustā PSRS un Vācija sadalīja Austrumeiropu ietekmes sfērās un, saskaņā ar slepeni noslēgto vienošanos, okupēja neatkarīgās valstis. Latviju 1940. gada 17. jūnijā okupēja PSRS.
Padomju pirmajā okupācijas gadā 1940.-1941. gadā Latvijā sistemātiski tika īstenotas represijas pret Latvijas iedzīvotājiem, kurus padomju vara uzskatīja par bīstamiem vai iespējami nelojāliem padomju varai. Turklāt svarīga nebija indivīda vainas pierādīšana, bet gan cilvēka piederība kādai profesionālai grupai vai viņa iepriekšējā darbība. Politisku iemeslu dēļ 1940.-1941. gadā tika arestēti vairāk kā 7000 Latvijas iedzīvotāju, neskaitot izsūtītos. Lielākā represīvā akcija bija 1941. gada 14. jūnija deportācija, kuras laikā uz PSRS no Latvijas lopu vagonos tika izvesti 15 424 iedzīvotāji. Arestētie tika nosūtīti uz GULAG labošanas darbu nometnēm, savukārt, administratīvi izsūtītie tika nometināti Sibīrijas kolhozos.
1941. gada 22. jūnijā Vācija uzbruka PSRS un sākās PSRS-Vācijas karš. Dažu nedēļu laikā Sarkanā armija atkāpās un 1941. gada vasarā Latvijas teritorija nonāca nacistiskās Vācijas varā. Padomju varu nomainīja ne mazāk brutāls nacistiskās Vācijas okupācijas režīms.
Lielākais nacistiskās Vācijas īstenotais noziegums Latvijas teritorijā bija genocīds pret ebrejiem jeb holokausts. Hitlera rasistiskās ideoloģijas dēļ tika sistemātiski iznīcināta gandrīz visa vairākus simtus gadu senā Latvijas ebreju kopiena – ap 70 000 ebreju un vēl apmēram 20 000 ebreju no citām Austrumeiropas teritorijām. Ebreju nošaušanas akcijas lielākoties tika īstenotas jau 1941. gadā. Tāpat Vācijas okupācijas režīms vērsās pret režīma politiskajiem pretiniekiem un arī padomju aktīvistiem, kuri nebija paspējuši evakuēties uz Krieviju PSRS-Vācijas kara sākumā.
No 1944. gada Latvijas teritorijā atradās un tika atjaunota padomju okupācijas vara. Otrreizējā padomju okupācija nesa jaunas politiskās represijas. Pirmajos pēckara gados Latvijā bija aktīva bruņota nacionālā pretošanās kustība jeb nacionālie partizāni. To mērķis bija atjaunot Latvijas neatkarību. 20. gs. 40. gados notika šo pretošanās kustības dalībnieku un to atbalstītāju masveidīgi aresti, tika sodīti arī tie Latvijas iedzīvotāji, kuri brīvprātīgi vai piespiedu kārtā bija sadarbojušies ar Vācijas okupācijas režīmu un arī citas iedzīvotāju grupas. Vien 1944.-1945. gadā tika arestēti ap 38 000 cilvēku. Lielākā īstenotā soda akcija padomju okupācijas laikā pēc 2. pasaules kara bija 1949. gada 25. marta deportācija. Tās laikā no Latvijas uz Sibīriju un citiem PSRS attāliem apgabaliem izsūtīja 42 195 Latvijas iedzīvotājus, lielākoties sievietes un bērnus. Tiek lēsts, ka pirmās padomju okupācijas laikā 1940.-1941. gadā un no 1945. līdz 1953. gadam padomju represijās Latvijā cietuši vai gājuši bojā 140–190 000 cilvēku.
Vēl līdz 200 000 cilvēku otrā pasaules kara dēļ nonāca Rietumvalstīs. Vācijā pēc kara beigām palika daudzi darba dienestā un dažādos bruņotajos formējumos iesauktie Latvijas iedzīvotāji, kuri baidījās no iespējamajām represijām dzimtenē. Bailēs no padomju okupācijas režīma atgriešanās 1944. gadā sākās arī bēgļu kustība no Latvijas uz Rietumiem pa jūras un sauszemes ceļiem. Tā rezultātā pēc 2. pasaules kara izveidojās latviešu diaspora Zviedrijā, Vācijā, ASV, Lielbritānijā, Austrālijā un citās valstīs.